Simulações Quânticas em Proteínas e Materiais Biológicos (96h)

Sobre o curso

Módulo 1: Fundamentos de Mecânica Quântica (QM). Aborda a Equação de Schrödinger e os principais métodos de cálculo: Ab Initio (Hartree-Fock), métodos semi-empíricos (AM1, PM3) e a Teoria do Funcional da Densidade (DFT), além das funções de base.
Módulo 2: Mecânica Molecular (MM) e Dinâmica Molecular. Foco na mecânica clássica para sistemas biológicos, cobrindo o uso de campos de força (como Amber), minimização de energia e termostatos.
Módulo 3: O Método Híbrido QM/MM. Explica como unir as duas abordagens, detalhando os tipos de acoplamento (embedding mecânico, eletrostático e polarizado) e o tratamento de fronteiras covalentes (como o uso de link atoms).
Módulo 4: Prática Computacional (CP2K e GROMACS). Ensina a preparação do sistema, construção dos arquivos de input e output, configuração da célula de simulação e seleção correta dos átomos da região quântica.
Módulo 5: Aplicações Avançadas e Cinética de Reações. Aplicações do mundo real, incluindo cálculo de estados de transição, método Nudged Elastic Band (NEB), energia livre e estudo de fotorreações em proteínas.

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